يستخدم فلوكونازول لعلاج الالتهابات الفطرية أو الخميرة الخطيرة ، بما في ذلك داء المبيضات المهبلي ، داء المبيضات الفموي البلعومي (مرض القلاع ، مرض القلاع الفموي) ، داء المبيضات المريئي (التهاب المريء المبيضات) ، التهابات المبيضات الأخرى (بما في ذلك التهابات المسالك البولية ، التهاب الصفاق [التهاب بطانة المعدة] ، والالتهابات التي قد تحدث في أجزاء مختلفة من الجسم) ، أو التهاب السحايا الفطري (المكورات المشفرة). كما أنها تستخدم في الأطفال على دعم الحياة يسمى الأكسجين الغشائي خارج الجسم (ECMO). يعمل هذا الدواء عن طريق قتل الفطريات أو الخميرة أو منع نموها.